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评估转录组从头组装准确度贵金属开户要多少钱的新方法

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全基因组测序项目发表文章档次的影响因素

测序转录组的方法可不止一种。一些研究人员的目标是计数转录本,评估表达水平,则测序可代替DNA芯片。而另一些研究人员感兴趣的是转录本的结构。真核生物壹加壹金融的基因常常经过选择性剪接,是否包含特定的外显子,这有着深远的生物学影响。

前一个应用比较简单,也更加广蓝色巨人投资泛。它与Illumina测序平台的特征相吻合,这些平台提供了短的RNA序列,但每次有数十亿个。而对于后一个阵营实物期货的研究人员而言,生物信息学工具和长读取计数才是问题的关键。

Pacific Biosciences的首席科学官Jonas Korlach介绍,哺乳动物的转录贵金属开户要多少钱本大约在1,0003,000个碱基,并以多种形式存在。例如,一个基因有5个外显子,则可能出现各种配置,如1234512451345245等等。弄清这些不同形式的结构和丰度应该不是什么难事,只要测序每个RNA分子并计壹加壹金融算其数量。然而,问题在于目前的测序技术无法做到这一点。

IlluminaHiSeq v4试剂每次运行大约产蓝色巨人投资生40亿个高度准确的读取,这对转录组测序而言是足够了。然而,每个双端读取的长度在2 x 125 bp,这就难以确定哪些片段是在一起的。如果这些读取中包含重复元件,则很难定位到基实物期货因组中。

斯坦福贵金属开户要多少钱大学遗传学教授Michael Snyder在接受采访时壹加壹金融表示:你仔细蓝色巨人投资想想,我们研究转录组的方式是疯狂的。我们得到RNA,将其炸成碎片,然后又尝试将它们组合回去,了实物期货解转录组一开始是个什么样子。这是一种可怕的方式。

Pacific Biosciences的单分子测序系统PacBio RS II产生了平均长度在8,500 bp的读取,这足以覆盖大多数的转录本。但RS II的贵金属开户要多少钱每个SMRT Cell只壹加壹金融产生50,00080,000个读取,这对于全面读取每个转录本而言还是太少。对于许多研究人员来说,两全的解决方案就是将两种方法相结合。

在最近一项蓝色巨人投资发表于PNAS上的研究中,Snyder的研究团队采用混合策略实物期货,利用PacBio的长读取和Illumina的短数据来测序一位儿童及其父母的淋巴母细胞转贵金属开户要多少钱录组。同时,Illumina的读取也能用来检查壹加壹金融PacBio碱基检蓝色巨人投资出的错误[1]

华盛实物期货顿大学西北基因组中心的技术开发主任Jason Underwood也贵金属开户要多少钱在H1人胚胎干细胞系的转录组分析中采用了这种策略壹加壹金融[2]。他们的混合测序(hybrid sequencing方法鉴蓝色巨人投资定出H1细胞中表实物期货达的数百个新基因/长链非编码RNAlncRNA)以及数千个贵金属开户要多少钱已知基因的异构体。

不过,Underwood并不总是利用短读取来进行错误校正,在分析鸡的转录组结构时,他只使用了长读取技术[3]。他利用SMRT测序来产生鸡胚胎心脏的全长cDNA,鉴壹加壹金融定出9,000多个新颖的转录异构体,以及Ensembl注释中未包含蓝色巨人投资的500多个实物期货基因。

Korlach介贵金属开户要多少钱绍,PacBio的技术让研究人员能捕获全部的转录本多样性。在这种称为Iso-Seq的方法中,用户合成cDNA并筛分,创建出不同长度的文库,然后环化并测壹加壹金融序。PacBioSMRT分析软件对相同蓝色巨人投资结构的转录本进行聚类,从而最大限度减少测序错误。互补的策略是环化测序(circular consensus sequencingCCS),其实物期货中cDNA被环化并反复测序贵金属开户要多少钱,以产生更加准确的平均读取。

鉴壹加壹金融于PacBio的读取次数相对较低,一些研究人员将这种技术与选择一些基因的方法相结合。在一项最新的研蓝色巨人投资究中,瑞士巴塞尔大学Peter Scheiffele领导的研究团队利用PacBio方法,对成年小鼠大脑中的实物期货370,000个轴突蛋白转录本进行测序,鉴定出这个家族中近1,400个独特的异构体[4]

为了理解那些数据,Scheiffele的团队使用了一种称为GMAP的算法程序,这也是Underwood使用的。分析贵金属开户要多少钱转录本结构的其他生物信息学工具包括CufflinksSpliceMap SigFugeSigFuge由北卡罗来纳大学教堂山分校D. Neil Hayes副教授的实验室开发,是一种壹加壹金融鉴定有趣的结构变异的工具。Hayes则使用它来鉴定数千个患者样本蓝色巨人投资中的癌症标志物。如果变异很重要,那么它实物期货应当是经常性的,他贵金属开户要多少钱解释道。有了SigFuge我们能够检测RNA结构中经常性的结构壹加壹金融变异。

但是你需要多少序列才能找到它们呢?Hayes认为没有简单的答案。一般来说,越多越好。但是你测序越多,研究就越昂贵。他认为每个肿瘤转录组需要6000万个蓝色巨人投资Illumina读取实物期货。

作为贵金属开户要多少钱一般准则,Underwood建议对全转录组分析感兴趣的用户至少分析每个样品的壹加壹金融100万个读取。最蓝色巨人投资低和最高表达的RNA之间可能相差56个实物期货数量级,他说。因此,即使是最稀贵金属开户要多少钱有的转录本,100万个读取应该也够了。这大约壹加壹金融需要PacBio仪器上的蓝色巨人投资20SMRT cell,或每实物期货次运行8cell2.5次贵金属开户要多少钱运行。(Jeffrey M. Perkel

参考文献

[1] Tilgner, H, et al., “Defining a personal, allele-specific, and single-molecule long-read transcriptome,” Proc Natl Acad Sci USA, 111:9869-74, 2014. [PubMed ID: 24961374]

[2] Au, KF, et al., “Characterization of the human ESC transcriptome by hybrid sequencing,” Proc Natl Acad Sci USA, 110:E4821–30, published online November 26, 2013, doi: 10.1073/pnas.1320101110. [PubMed ID: 24282307]

[3] Thomas, S, et al., “Long-read sequencing of chicken transcripts and identification of new transcript isoforms,” PLoS ONE, 9:e94650, 2014. [PubMed ID: 24736250]

[4] Schreiner, D, et al., “Targeted combinatorial alternative splicing generates brain region-specific repertoires of neurexins,” Neuron, in press, 2014. [DOI: 10.1016/j.neuron.2014.09.011]

如何通过RNA-Seq了解转录本的结构

2014年12月26日

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